O final da 2ª Dinastia

Nova crise de sucessão.

Quando D. João III morreu, sucedeu-lhe o seu neto, ainda criança D. Sebastião. A governação ficou a cargo da sua avó D. Catarina,  mais tarde ao seu tio-avô, o cardeal D. Henrique e só em 1578 D. Sebastião assumiu o trono de Portugal.

Em 1578, D. Sebastião morre na Batalha de Alcácer Quibir, no norte de África.

Como D. sebastião não tinha filhos sucedeu-lhe o cardeal D. Henrique que faleceu dois anos mais tarde.

Surgiram outros pretendentes ao trono: 

• D. Catarina, duquesa de Bragança; 
• D. Filipe II de Espanha, apoiado pela burguesia, a nobreza e o alto clero, seduzidos pelos privilégios prometidos pelo rei de Espanha.
• D. António, prior do Crato, apoiado pelo povo, ainda foi proclamado rei em Santarém, contudo foi derrotado, em 1580, na batalha de Alcântara contra o exército espanhol.

Portugal perdeu a Independência, o primeiro rei da 3ª Dinastia Filipe I de Portugal era Filipe II de Espanha.